Βιοπληροφορική Ι

Κωδικός: LSI205
Είδος: Κατεύθυνσης (2ου εξαμήνου)
ECTS: 8

 

Eclass: https://eclass.upatras.gr/courses/MED887/

Συντονιστές: Γ. Ζαρκάδης, Ζ. Λυγερού

Διδάσκοντες: Γ. Ζαρκάδης, Ζ. Λυγερού, Γ. Σπυρούλιας, Μ. Ματσούκας, Δ. Βλαχάκης, Μ. Κωσταδήμα, Γ. Καλόσακας

– εξωτερικοί προσκεκλημένοι (παράδειγμα: Α. Μασσούρας/Saphetor, D. Jackson/Molecular Health, Φ. Χριστοδούλου/Miroculus, Μ Ραψομανίκη/IBM, Α. Χατζηγεωργίου/DIANA)

Περιεχόμενο:

1. Εξοικείωση με βασικές βάσεις δεδομένων και κοινά χρησιμοποιούμενα εργαλεία ανάλυσης στη Βιοπληροφορική

Βάσεις βιολογικών δεδομένων και εργαλεία προσπέλασης, οργάνωση και διασύνδεση βάσεων βιολογικών δεδομένων, Genome Browsers, προγράμματα στοίχισης-πολλαπλής στοίχισης αλληλουχιών DNA-πρωτεϊνών, εύρεση ομολόγων/οικογενειών, κατασκευή φυλογενετικών δέντρων, μετάφραση, πρόβλεψη 2ταγούς δομής, ανάλυση NGS δεδομένων, δομική βιοπληροφορική

2. Παραδείγματα Βιοπληροφορικής. Γνωριμία με στελέχη/ιδρυτές εταιρειών βιοπληροφορικής και εξοικείωση με τρέχοντα ερωτήματα/προσεγγίσεις

Βασικοί όροι/έννοιες (που θα πρέπει απαραίτητα να γνωρίζουν ολοι οι φοιτητές στο τέλος του μαθήματος):

NCBI databases archival/curated, comprehensive/specialised (DNA, protein, Refseq, gene, homologene, SNPdb, EST), Pdb, Swissprot (uniprot, prosite),  STRING, TCGA, ENTREZ, ENSEMBL, EXPASY, BLAST (tBLASTn, BLAST-X, psi-BLAST), FASTA, CLUSTAL, scoring matrix, PAM, BLOSUM, position weighted scoring, profile, consensus, NGS analysis (RNAseq, quality control, read alignment), protein docking

Προαπαιτούμενη γνώση: LSI101: δομή DNA, RNA, πρωτεϊνών, γονίδιο, εξόνιο, εσόνιο, ροή της γενετικής πληροφορίας, ρύθμιση της γονιδιακής έκφρασης. ΠΒ202: ανθρώπινο γονιδίωμα, πολυμορφισμοί, EST, NGS

Μορφή διδασκαλίας: hands-on ασκήσεις

Τρόπος εξέτασης: Απαντήσεις σε ασκήσεις (κατάθεση σε eclass)

 

Ενδεικτικό αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων

1η εβδομάδα     Βάσεις Βιολογικών δεδομένων και εργαλεία

προσπέλασης (ΖΛ)

2η εβδομάδα     Genome browsers, διασύνδεση βάσεων (ΖΛ)

3η εβδομάδα     Προγράμματα ανάλυσης αλληλουχιών

DNA-πρωτεϊνών, 2ταγείς, 3ταγείς δομές

DNA, RNA, πρωτεϊνών (ΓΖ)

4η εβδομάδα     Στοίχιση αλληλουχιών DNA/πρωτεϊνών, Στοίχιση

πολλαπλών αλληλουχιών, φυλογενετικά

δέντρα (ΓΖ)

5η εβδομάδα     Ανάλυση/στοίχιση ακολουθιών –(pairwise

alignment, scoring matrix,  position weighted

scoring, profile, pattern) Χ. Μακρής

6η εβδομάδα     Εξειδικευμένες βάσεις δεδομένων: PROSITE/PFAM.

TCGA and the cBioportal, STRING  (ΖΛ)

7η εβδομάδα     NGS data analysis (ΔΒ – ΜΚ)

8η εβδομάδα     Computational methods in drug design (ΓΣ, ΜΜ)

9η εβδομάδα     Εργασίες Φοιτητών

10η εβδομάδα   Εργασίες Φοιτητών

11η εβδομάδα   Παραδείγματα Βιοπληροφορικής (Miroculus,

Saphetor, Molecular Health, DIANA) invited

12η εβδομάδα   Παραδείγματα Βιοπληροφορικής (Miroculus,

Saphetor, Molecular Health, DIANA) invited