Βιοπληροφορική ΙΙ

Κωδικός: LSI304
Είδος: Κατεύθυνσης (3ου εξαμήνου)
ECTS: 4

Συντονιστές: Σ. ΜαυρουδήΜ. Κλάππα

Διδάσκοντες: Μ. Κλάππα, Σ. Μαυρουδή, Κ. Θεοφιλάτος, Δ. Κλεφτογιάννης

– Επικουρικό Έργο: Α. Κορφιάτη

Περιεχόμενο: Παρουσίαση των «ομικών» τεχνολογικών πλατφόρμων και μεθοδολογιών για υψηλής-απόδοσης βιομοριακή ανάλυση. Παρουσίαση μεθόδων και χρήση λογισμικών πολυπαραμετρικής στατιστικής ανάλυσης και μαθηματικής προτυποποίησης για τη συνδυαστική ανάλυση των βιομοριακών προτύπων. Ανάλυση Μεγάλου Όγκου Δεδομένων στην Μεταφραστική Βιοπληροφορική (Translational Bioinformatics) – Δυνατότητες και παγίδες – Ηands- on παραδείγματα σε Network Medicine εφαρμογές. Εισαγωγή σε Sequencing τεχνολογίες και hands-on σε DNA-seq ανάλυση. Proteomics – hands-on εκπαίδευση με εργαλεία ανοιχτού κώδικα. (Διαδικτυακά) Εργαλεία στη Βιολογία των Συστημάτων – hands on εκπαίδευση.

Βασικοί όροι/έννοιες (που θα πρέπει απαραίτητα να γνωρίζουν όλοι οι φοιτητές στο τέλος του μαθήματος):
Variant calling from DNA-seq data , DNA-seq data visualization and data annotation, Exploration of DNA-seq data formats, Ανάλυση Δεδομένων RNA-seq, Ανάλυση Διαφορικής Έκφρασης, Εντοπισμός Βιοδεικτών σε ομικά δεδομένα, Δευτεροταγή και Τριτοταγή Δομή, Βιολογία Συστημάτων, Δίκτυα Γονιδιακής Έκφρασης, Πρωτεϊνικά Δίκτυα, Λειτουργικός Χαρακτηρισμός, Μεταβολικά Μονοπάτια.

Προαπαιτούμενη γνώση: LSI105 Αρχές Στατιστικής και Ανάλυσης Δεδομένων, LSI201 Τεχνητή Νοημοσύνη και Μηχανική Μάθηση (Ταξινομητής, Επιλογή Χαρακτηριστικών), LSI203 Εισαγωγή στη Σχεδίαση, Υλοποίηση και Ανάκτηση Πληροφορίας από Βιοϊατρικές Βάσεις Δεδομένων (Ανάκτηση Δεδομένων από Βιοϊατρικές Βάσεις Δεδομένων), LSI205 Βιοπληροφορική Ι , LSI206 Γονίδια και Γονιδιώματα

Μορφή διδασκαλίας: παραδόσεις, φροντιστήρια με hands-on ασκήσεις

Τρόπος εξέτασης: Ερωτήσεις σε απαντήσεις που θα πρέπει να παραδοθούν στο eclass πρότζεκτ με προφορική εξέταση

 

Ενδεικτικό αναλυτικό πρόγραμμα μαθημάτων

1η εβδομάδα   Παρουσίαση των «ομικών» τεχνολογικών πλατφόρμων και μεθοδολογιών για υψηλής-απόδοσης βιομοριακή ανάλυση (1) (Μ. Κλάπα)

2η εβδομάδα   Παρουσίαση των «ομικών» τεχνολογικών πλατφόρμων και μεθοδολογιών για υψηλής-απόδοσης βιομοριακή ανάλυση (2) (Μ. Κλάπα)

3η εβδομάδα   Παρουσίαση μεθόδων και χρήση λογισμικών πολυπαραμετρικής στατιστικής ανάλυσης και μαθηματικής προτυποποίησης για τη συνδυαστική ανάλυση των βιομοριακών προτύπων. (1) (Μ. Κλάπα)

4η εβδομάδα   Παρουσίαση μεθόδων και χρήση λογισμικών πολυπαραμετρικής στατιστικής ανάλυσης και μαθηματικής προτυποποίησης για τη συνδυαστική ανάλυση των βιομοριακών προτύπων. (2) (Μ. Κλάπα)

5η εβδομάδα   Ανάλυση Μεγάλου Όγκου Δεδομένων στην Μεταφραστική Βιοπληροφορική (Translational Bioinformatics) – Δυνατότητες και παγίδες – hands on παραδείγματα σε Network Medicine Εφαρμογές (Σ. Μαυρουδή, Α. Κορφιάτη)

6η εβδομάδα   Εισαγωγή σε Sequencing τεχνολογίες και hands on σε DNA-seq ανάλυση (Δ. Κλεφτογιάννης)

7η εβδομάδα   Proteomics – hands on εκπαίδευσης με εργαλεία ανοιχτού κώδικα (Κ. Θεοφιλάτος)

8η εβδομάδα   (Διαδικτυακά) Εργαλεία στη Βιολογία των Συστημάτων – hands on εκπαίδευση (Κ. Θεοφιλάτος, Α. Σ. Μαυρουδή, Α.Κορφιάτη)